Δεν είναι γνωστό ακριβώς πότε χτίστηκε η Κόνιτσα, πάντως η παρουσία του
ανθρώπινου στοιχείου στην περιοχή χρονολογείται πριν από 10.000 χρόνια
περίπου. Η Κόνιτσα αποτελούσε σημείο ιδιαίτερης στρατηγικής σημασίας
από την εποχή που ζούσαν εκεί οι Μολοσσοί και ο Πύρος. Κατά την περίοδο
της Βυζαντινής αυτοκρατορίας, μέσα στα πλαίσια της γενικής οχύρωσης,
χτίστηκαν στην ευρύτερη περιοχή αρκετά κάστρα, όπως αυτό που σώζεται
στο χωριό Κλειδωνιά.
Η ονομασία "Κόνιτσα" κάνει την εμφάνισή της στη σύγχρονη ιστορία την
εποχή του Κωνσταντίνου Πωγωνάτου. Στο διάστημα της Τουρκοκρατίας,
από το 1453 έως το 1913 που απελευθερώθηκε τελικά, γνώρισε μεγάλη
οικονομική και πολιτιστική άνθιση και έτυχε ευνοϊκής μεταχείρισης, κυρίως
επειδή ήταν ο τόπος καταγωγής της Χάμκως, μητέρας του Αλή Πασά. Το
1775 πέρασε από κει ο μεγάλος δάσκαλος του Γένους Κοσμάς ο Αιτωλός
και ανέπτυξε σπουδαία θρησκευτική δράση στην εξισλαμισμένη από τους
Τούρκους περιοχή.
Κατά το Β' Παγκόσμιο πόλεμο η Κόνιτσα υπεβλήθη σε τρομερές δοκιμασίες.
Το 1940-41 υπέστη μεγάλες καταστροφές, καθώς πυρπολήθηκε από τους
Ιταλούς και δέχτηκε σφοδρές επιθέσεις από συμμορίες Αλβανών. Λίγα χρόνια
αργότερα, πριν προλάβει να συνέλθει από τις τραγωδίες του Ελληνοιταλικού
πολέμου, δέχτηκε νέο σοβαρό πλήγμα κατά τη διάρκεια του εμφύλιου
πολέμου, όπου αφανίστηκαν οικογένειες και καταστράφηκαν ολόκληρες
περιουσίες.